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OpenMinTed: una plataforma de herramientas informáticas para extraer y explotar la información de la literatura científica

El equipo Bibliome-MaIAGE y la Delegación de Información Científica y Técnica (DIST) del INRA contribuyen al proyecto europeo de infraestructura OpenMinTeD, cuyo objetivo es crear una plataforma informática en línea que fomente y facilite el uso de las tecnologías de minería de textos y de datos para la investigación.

Imagen del sitio OpenMinTed
Céline Bézy, traducido par Fernando Campos Leza
Actualización: 03/04/2018
Publicación: 02/03/2018

La avalancha de conocimientos científicos publicados hace que los investigadores necesiten cada vez más herramientas que les ayuden a analizar rápidamente los textos y extraer datos precisos. Para responder a esa necesidad se han desarrollado tecnologías de minería de textos. No obstante, los sistemas creados han sido diseñados teniendo en cuenta las especificidades de los campos de investigación, los tipos de texto que deben procesarse o el análisis deseado, lo cual ha dado lugar a un paisaje fragmentado de soluciones de minería de textos incompatibles entre sí.

El objetivo del proyecto europeo OpenMinTeD, financiado en el marco del programa Horizon 2020, es crear una plataforma de colaboración e intercambio de conocimientos sobre minería de textos para científicos de todos los campos. El INRA, con el equipo Bibliome-MaIAGE y la DIST, participa en el proyecto junto con otros 16 socios universitarios, cuyas contribuciones son coordinadas por el Athena Research and Innovation Centre (ARC). El consorcio trabaja en la integración de recursos (literatura científica y recursos de anotación) y componentes de programas de minería de textos, que facilitan su reutilización y los hacen interoperables. La contribución del INRA al proyecto OpenMinTeD consiste en aportar e integrar las tecnologías Alvis, que desarrolla el equipo de Bibliome desde hacer numerosos años. Como la concepción de la plataforma se basa en casos de uso, esta contribución se inscribe en el ámbito más amplio del diseño y creación de aplicaciones innovadoras en los campos de la agricultura y la alimentación.

En colaboración con las unidades de microbiología alimentaria del INRA y la plataforma bioinformática Migale, el equipo Bibliome-MaIAGE y la DIST han puesto en marcha la aplicación «Florilège». Su objetivo es reunir en un único lugar la información pública (de bases de datos y artículos científicos) disponible sobre la flora positiva de los alimentos (procesamiento, biopreservación, probióticos). Además, Bibliome-MaIAGE y la DIST han desarrollado otros dos casos de uso. El primero ha sido diseñado en colaboración con la Unidad de Investigación Genómica Info (URGI) en el marco de la aplicación «WheatIS», un sistema integrado de información sobre fenotipos y genotipos del trigo. El segundo, construido con el Institute of Plant Sciences Paris-Saclay en torno a la aplicación «SeeDev», integra datos de la base de datos de genomas de plantas «FLAGdb++» con las regulaciones en torno al desarrollo de la semilla de Arabidopsis thaliana, extraídas de publicaciones científicas. Eso permite a los investigadores no solo obtener información sobre la actividad de los genes durante el desarrollo de las semillas (como sus interacciones o las proteínas que producen, por ejemplo), sino también tener acceso a los textos científicos que describen esa actividad. Cada uno de estos innovadores servicios integra en un conjunto unificado y de fácil acceso datos experimentales, datos de expertos y datos extraídos en masa por OpenMinTeD a partir de los textos.

La última reunión del consorcio OpenMinTeD tuvo lugar del 12 al 14 de febrero de 2018 en el centro de investigación del INRA Île-de-France - Jouy-en-Josas. Los socios, junto con las comunidades de acceso libre que proporcionan los contenidos y las comunidades informáticas de minería de textos, están completando la integración de sus aplicaciones y componentes en la plataforma, que se presentará oficialmente el 24 de mayo de 2018 en Bruselas.

Contacto
Contacto científico:

Contacto de prensa:
Servicio de prensa del INRA
Departamento asociado:
Applied Mathematics and Informatics
Centro asociado:
Versailles-Grignon, Jouy-en-Josas